養老7年(723)に行基が薬師如来を刻んで本尊としたという。
弘仁年間(810〜23)弘法大師は寺の北の山中で修行をし、満願の日に大地を
金剛杖で突いたところ、清水が滝のように溢れ出したので、寺号を清滝寺に
改めたと伝えられる。厄除け、安産の信仰が厚く、立派な薬師如来銅像の中には、
厄除けの階段くぐりがある。
寺の左手に「入らずの山」と呼ばれる丘があって、
ここに弘法大師の十大弟子の一人真如の逆修塔がある。