寺の開基は天平勝宝元年(749)の勅願を受けた行基による。
本尊は行基が彫った阿弥陀如来である。脇侍は観世音、勢至菩薩。
この後、巡錫した弘法大師が堂宇を整えたといわれる。
大正13年(1924)に四国八十八ヵ所を巡拝したアメリカのスタール博士は、
円明寺を訪れた際本尊厨子にあった銅板納札を高く評価した。
慶安三年(1650)、京都からの巡拝者が納めたもので、四国最古の銅板納札でもある。
それ以来、この寺の納札は有名になった。